Le Centre de Recherches et des Technologies des Eaux est supervisé par un Directeur Général de grade d’un professeur de l’enseignement supérieur, la secrétariat générale du centre est supervisée aussi par un secrétaire général diplômé de l’Ecole Nationale d’Administration (ENA).

Le Centre a enregistré en 2014 un développement remarquable dans le nombre d’agents de différents grades et filières pour soutenir l’équivalence des ressources humaines et de faire progresser la qualité de l’appui administratif et financier.